Heiploeg is voor haar producten afhankelijk van de natuur. Een schoon milieu wereldwijd is de basis van onze producten en daarmee van ons bestaan. Daarnaast is een milieuschonende bedrijfsvoering in de huidige maatschappelijke perceptie zeker een kwaliteitskenmerk van een product. Dat brengt Heiploeg in een lastig parket; een grote fabriek, intensief verbruik van energie, water en chemicaliën, veel transport, visserij en aquacultuur. Alles staat haaks op het begrip milieuzorg. Heiploeg tracht daarom door haar bedrijfsvoering een zo gering mogelijke druk op het milieu uit te oefenen. De aspecten wetsconformiteit en voortdurende verbetering staan hierbij centraal. In beginsel dient bij de aankoop van grondstoffen rekening gehouden te worden met de mate van milieubelasting die door de visserij of aquacultuur worden teweeggebracht. Men zal zeggen dat visserij de natuur nadelig beïnvloedt. Echter, een verantwoorde duurzame exploitatie van natuurlijke hulpbronnen waarbij zaken als bestandsgrootte en biodiversiteit gegarandeerd zijn wordt terdege als verantwoord beschouwd. Aankoop van grondstoffen gaat daarbij tevens onder een specificatie van recyclebaar verpakkingsmateriaal.
Heiploeg maakt gebruik van een hypermoderne fabriek, elektriciteit wordt ter plekke gegenereerd waarbij de afvalwarmte wordt benut. Het afvalwater wordt in een eigen afvalwaterzuivering gereinigd.
Heiploeg heeft een ISO 14001 gecertificeerd milieuzorgsysteem.
